Đường thủy thì tập trung cải tạo nâng cấp các luồng sông để đảm bảo hoạt động của tàu thuyền ra vào các cảng trong khu vực, một số luồng hàng hải chính như luồng sông Đồng Tranh để kết nối vận tải hàng hóa từ TP.HCM ra Cái Mép - Thị Vải, luồng sông Lòng Tàu qua Vịnh Gành Rái. Nạo vét luồng sông Soài Rạp -11.5m để tàu thuyền có thể hành hải an toàn.

Ngoài ra, đề án cũng đề xuất Bộ Giao thông Vận tải nâng cấp tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện có, đảm bảo tốc độ chạy tàu bình quân 80 - 90 km/h đối với tàu khách và 50 - 60 km/h đối với tàu hàng.

Tuyến thứ nhất là TP. HCM - Mỹ Tho - Cần Thơ (dự kiến kéo dài đến Cà Mau), kết nối với đường sắt Bắc - Nam, có điểm cuối là ga An Bình (Cần Thơ).

Tuyến thứ hai là TP. HCM - Tây Ninh (định hướng kéo đến cửa khẩu Mộc Bài và Xa Mát), kết nối với đường sắt TP. HCM - Mỹ Tho - Cần Thơ tại ga Tân Chánh Hiệp (TP. HCM).

Dự thảo nghị quyết Chính phủ cũng cho biết để TP Cần Thơ phát triển cần nghiên cứu, triển khai đầu tư tuyến đường sắt kết nối TP.HCM với Cần Thơ, Cà Mau sau năm 2025

Tuyến thứ ba là đường sắt Thủ Thiêm - cảng hàng không quốc tế Long Thành với điểm đầu tại ga Thủ Thiêm.

Tuyến thứ tư là tuyến đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam, ưu tiên xây dựng trước đoạn tuyến có nhu cầu vận tải lớn như TP. HCM - Nha Trang.

Tuyến thứ năm là tuyến đường sắt đôi chuyên dụng kết nối từ đường sắt quốc gia đến cảng Hiệp Phước (TP. HCM) và cảng Long An.

Tỷ trọng đóng góp của logistics vào GDP TP. HCM đến năm 2025 đạt 10% và đến năm 2030 đạt 12%, góp phần kéo giảm tỷ lệ chi phí logistics cả nước so với GDP quốc gia đến năm 2025 khoảng 10 – 15%.