Theo thông tin từ Bộ Công an, ngày 25/5, ông Huỳnh bị Cơ quan Cảnh sát điều tra khởi tố, bắt tạm giam về tội Lợi dụng chức vụ quyền hành trong khi thi hành công vụ, theo Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015.

Cụ thể theo cơ quan điều tra, trong quá trình Bộ Y tế tiếp nhận, thẩm định hồ sơ xin cấp Số đăng ký lưu hành Kít xét nghiệm cho Công ty Việt Á, ông Nguyễn Huỳnh đã có hành vi lợi dụng vai trò là Thư ký của ông Nguyễn Thanh Long, lúc đó là Thứ trưởng Thường trực Bộ Y tế, để giới thiệu, can thiệp và tác động đến Vụ Trang Thiết bị & Công trình y tế nhằm ban hành Quyết định cấp Số đăng ký lưu hành Kít xét nghiệm cho Công ty Việt Á trái quy định của pháp luật.

Trong các vụ án liên quan Việt Á, C03 và công an các địa phương đã khởi tố hơn 40 người, trong đó có 16 lãnh đạo, cán bộ nhiều CDC và Sở Y tế. Cơ quan điều tra Bộ Quốc Phòng cũng khởi tố một vụ án khác, bắt hai sỹ quan.

Kết quả điều tra ban đầu xác định, Tổng giám đốc Việt Á Phan Quốc Việt đã nâng khống giá kit xét nghiệm Covid-19 lên khoảng 45% và chi "hoa hồng" lót tay cho các đơn vị, cá nhân gần 800 tỷ đồng. Việt Á sau đó thu lợi trên 500 tỷ đồng.

Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục điều tra mở rộng vụ án; rà soát, kê biên, phong tỏa tài sản của các đối tượng để khắc phục hậu quả.

Trước đó, cuối tháng 12/2021, C03 khởi tố vụ án hình sự, khởi tố bị can đối với Phan Quốc Việt, Tổng giám đốc Công ty Việt Á và hàng loạt các bị can liên quan trong vụ án vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng; đưa, nhận hối lộ xảy ra tại Công ty Việt Á và các địa phương liên quan.

Sau gần nửa năm khởi tố vụ án, hàng loạt giám đốc CDC các tỉnh bị khởi tố, bắt tạm giam đều liên quan đến Công ty Việt Á. Giám đốc CDC tỉnh Hải Dương,  Bắc Giang, Bình Dương, Nghệ An, Thừa Thiên - Huế, Hà Giang, Bình Phước...

Ngoài ra, các cán bộ tại Bộ Y tế, Bộ KH&CN cũng bị khởi tố liên quan Công ty Việt Á gồm: Nguyễn Minh Tuấn, nguyên Vụ trưởng vụ trang thiết bị và công trình y tế, Bộ Y tế; Nguyễn Nam Liên, Vụ trưởng Kế hoạch tài chính Bộ Y tế; Trịnh Thanh Hùng, Vụ phó Khoa học và công nghệ các ngành khoa học kĩ thuật, Bộ KH&CN.