Theo đó, chuyến tàu SE12 xuất phát ga Sài Gòn lúc 15h20 ngày 3/10 và dự kiến về đến ga Ninh Bình vào lúc 6h30 ngày 5/10. Tàu SE12 thực hiện đón hành khách  lên tàu tại 3 ga Sài Gòn; Dĩ An (Bình Dương) và ga Biên Hòa (Đồng Nai).

Hành khách lên tàu tại các ga này sẽ được ngành đường sắt phân biệt bằng việc phân chia vị trí tại các toa để tiện cho việc theo dõi lịch trình di chuyển của hành khách và phối hợp cung cấp cho chính quyền địa phương khi cần. Toàn bộ công tác đón, tiễn hành khách tại các ga, vận chuyển trên tàu sẽ được đảm bảo tuân thủ nghiêm các quy định về phòng, chống dịch theo quy định của Bộ Y tế, Bộ GTVT và các địa phương.

Để tổ chức chạy tàu chuyên biệt SE12, ngành đường sắt sử dụng các toa xe tốt nhất hiện có; tổ chức phun khử trùng tại các nhà ga và toa xe trước khi đưa ra vận dụng. Các nhân viên phục vụ trên tàu, dưới ga đều đảm bảo đáp ứng các yêu cầu theo hướng dẫn tạm thời tổ chức hoạt động vận tải hành khách của Bộ GTVT về xét nghiệm SARS-CoV-2 và tiêm vaccine, theo VTC. 

Tại các ga, ngành đường sắt cũng tổ chức đo thân nhiệt và kiểm tra thẻ lên tàu, giấy xét nghiệm COVID-19 kết quả âm tính còn hiệu lực theo quy định của Bộ Y tế đối với hành khách.

Trên suốt hành trình, tàu chỉ dừng tác nghiệp kĩ thuật tại các ga theo biểu đồ chạy tàu, không mở cửa cho khách xuống dọc đường. Hành khách khi xuống ga Ninh Bình sẽ được đưa đi cách ly theo quy định. Đoàn tàu sau khi về đến ga Ninh Bình sẽ được phun khử trùng toàn bộ. Các nhân viên trên tàu xuất phát ngay để về ga Sài Gòn.

Trước đó, ngành đường sắt cũng tổ chức 6 đoàn tàu chuyên biệt để đưa hơn 2.000 hành khách là công dân các tỉnh: Hà Tĩnh, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Yên Bái về quê an toàn.

Hiện ngành đường sắt đang chuẩn bị tổ chức chạy lại tàu khách trong thời gian sớm nhất.