Đại tá Phùng Anh Lê từng giữ chức vụ Trưởng Công an quận Tây Hồ (Hà Nội). 

Tháng 1/2019, ông Lê được Bộ Công an điều động, bổ nhiệm giữ chức Trưởng phòng Cảnh sát Kinh tế, Công an TP. Hà Nội.

Sau đó, ông tiếp tục được Bộ Công an bổ nhiệm chức danh Tư pháp - Phó Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP. Hà Nội.

Đại tá Phùng Anh Lê bị đình chỉ công tác để cơ quan chức năng làm rõ một số dấu hiệu xâm phạm hoạt động tư pháp khi ông Lê còn làm Trưởng Công an quận Tây Hồ, theo VTC.

Đến nay, toàn bộ hồ sơ vụ việc được Công an TP. Hà Nội chuyển sang Cơ quan điều tra Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao thụ lý điều tra theo thẩm quyền.

Theo điều 20 Luật tổ chức VKSND năm 2014, điều 163 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 và điều 30 Luật tổ chức Cơ quan điều tra hình sự năm 2015, Cơ quan điều tra VKSND Tối cao có thẩm quyền điều tra tội phạm xâm phạm hoạt động tư pháp, tội phạm về tham nhũng, chức vụ xảy ra trong hoạt động tư pháp theo quy định của luật mà người phạm tội là cán bộ, công chức thuộc cơ quan điều tra, tòa án, viện kiểm sát nhân dân, cơ quan thi hành án, người có thẩm quyền tiến hành hoạt động tư pháp khi các tội phạm đó thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án nhân dân.