Theo báo cáo của Viện Paul Ehrlich, một cơ quan y tế liên bang của Đức chuyên quản lý và nghiên cứu vaccine và y sinh học, các tác dụng phụ hiếm gặp của vaccine COVID-19 bao gồm viêm cơ tim và viêm màng ngoài tim, sốc phản vệ, huyết khối xoang tĩnh mạch não, hội chứng Guillain-Barré và giảm tiểu cầu hoặc giảm tiểu cầu miễn dịch.

Cơ thể con người phản ứng với vaccine ngay sau khi tiêm hoặc vài tuần sau đó, và có thể phát triển các phản ứng vaccine hoặc các triệu chứng nghiêm trọng hơn.

Có thể xảy ra tác dụng phụ hiếm như huyết khối xoang tĩnh mạch não hoặc viêm cơ tim cũng có thể ảnh hưởng lâu dài hơn đến sức khỏe của một người nhưng, tác dụng lâu dài hoặc muộn không xuất hiện cho đến nhiều năm sau khi tiêm chủng. 

Đối với vaccine mRNA, loại vaccine này sẽ cung cấp các hướng dẫn cho các tế bào của cơ thể con người tạo ra "protein đột biến. Các tế bào của chúng ta sẽ phá vỡ và loại bỏ mRNA hoàn toàn và do đó không thể kích hoạt bất kỳ tác dụng lâu dài nào khởi phát muộn.

Vaccine vectơ sử dụng phiên bản đã sửa đổi của một virus vô hại khác (virus vectơ). Vaccine này dạy các tế bào cơ thể tạo ra bản sao của protein đột biến và kích thích hệ thống miễn dịch sản xuất kháng thể. Vaccine vectơ bị phá vỡ sau một thời gian ngắn nên không thể gây ra phản ứng cho cơ thể ngay cả sau một thời gian dài.