9 trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở

Từ ngày 01/7/2026, Luật Quản lý thuế năm 2025, Luật số 108/2025/QH15, chính thức có hiệu lực, đặt ra nhiều yêu cầu mới trong công tác quản lý thuế, tăng cường kỷ cương tài chính, nâng cao tính minh bạch và trách nhiệm tuân thủ của người nộp thuế. 

Vì vậy, Thuế cơ sở 3, tỉnh Khánh Hòa mới đây đã đưa ra lưu ý về 9 trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở theo quy định mới nhất từ 1/7.

Một trong những nội dung đáng chú ý là quy định về các trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế. Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025, cơ quan thuế được thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong 9 trường hợp cụ thể như sau:

Trước hết, cơ quan thuế sẽ kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Đây là nhóm hồ sơ cần được xem xét, đánh giá trước khi thực hiện hoàn thuế nhằm bảo đảm việc hoàn thuế đúng đối tượng, đúng điều kiện, đúng quy định pháp luật.

Trường hợp thứ hai là hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế. Nội dung này áp dụng đối với hồ sơ đã được hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, nhằm kịp thời phát hiện, xử lý các sai sót hoặc hành vi lợi dụng chính sách hoàn thuế.

Bên cạnh đó, cơ quan thuế có quyền kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế. Đây là căn cứ quan trọng để cơ quan quản lý kịp thời xác minh, làm rõ các hành vi có nguy cơ gây thất thu ngân sách nhà nước hoặc ảnh hưởng đến tính nghiêm minh của pháp luật thuế.

Ngoài các trường hợp nêu trên, việc kiểm tra còn được thực hiện đối với người nộp thuế được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề kiểm tra; hoặc theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền. Điều này cho thấy hoạt động kiểm tra thuế không chỉ xuất phát từ dấu hiệu vi phạm mà còn gắn với yêu cầu quản lý thường xuyên, chuyên sâu theo từng lĩnh vực, nhóm đối tượng hoặc nhiệm vụ quản lý cụ thể.

Đối với người nộp thuế có rủi ro cao, cơ quan thuế cũng được kiểm tra trong các trường hợp như chia, tách doanh nghiệp; sáp nhập, hợp nhất; chuyển đổi loại hình doanh nghiệp; cổ phần hóa; phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động; chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh. Đây là những thời điểm dễ phát sinh biến động về nghĩa vụ thuế, tài sản, hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ nên cần được kiểm soát chặt chẽ.

Một trường hợp khác là khi người nộp thuế không giải trình hoặc không bổ sung đầy đủ tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế. Khi đó, cơ quan thuế có thể chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế để làm rõ nội dung liên quan.

Cơ quan thuế cũng được kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi phục vụ việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế. Đồng thời, các hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế được đánh giá có rủi ro cao cũng thuộc diện kiểm tra nhằm bảo đảm chính sách ưu đãi, miễn giảm thuế được thực hiện đúng quy định, tránh bị lợi dụng.

Quyền của người nộp thuế

Cùng với nghĩa vụ chấp hành kiểm tra, người nộp thuế cũng có các quyền cần được bảo đảm gồm:

Việc nắm rõ 9 trường hợp cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở giúp người nộp thuế, nhất là doanh nghiệp, hộ kinh doanh và tổ chức có phát sinh nghĩa vụ thuế, chủ động rà soát hồ sơ, chứng từ, sổ sách kế toán và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai, nộp thuế. Chủ động tuân thủ không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý mà còn góp phần xây dựng môi trường kinh doanh minh bạch, công bằng và bền vững.

Trong trường hợp còn vướng mắc, người nộp thuế nên liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn, giải đáp kịp thời, tránh để phát sinh sai sót dẫn đến bị xử lý theo quy định pháp luật.